Kostel svatého Mikuláše v Českých Budějovicích

V Českých Budějovicích mezi ulicemi Kněžská, Kanovnická a U Černé věže stojí kostel svatého Mikuláše.

Wiki:

Katedrála svatého Mikuláše je hlavní kostel českobudějovické diecéze zasvěcený svatému Mikuláši. Nachází se v centru Českých Budějovic, kousek od severovýchodního rohu náměstí Přemysla Otakara II. Vedle ní stojí Černá věž, která zároveň plní úlohu zvonice katedrály. Před katedrálou se dále nachází socha biskupa Jana Valeriána Jirsíka.

Základní kámen farního kostela pro královské město České Budějovice byl položen okolo roku 1265, krátce po založení města. Někdy okolo roku 1297 byl pak posvěcen hlavní oltář a kostel předán k užívání, byť ještě zřejmě nebyl dokončen (k dokončení stavby hlavní budovy nejspíše došlo až někdy kolem poloviny 14. století). K roku 1370 se připomíná hřbitovní kaple sv. Jakuba, která byla později nahrazena kaplí Smrtelných úzkostí Páně.

Raně gotická bazilika byla koncem 15. století doplněna přístavbou v podobě jižního průčelí připomínajícího trojici příčných lodí. Kolem roku 1500 přibyla samostatná zvonice umístěná severovýchodně od kostela. V roce 1517 následovala odborná prohlídka kostela a rok později přestavba do podoby pozdně gotického chrámu s vysokou stanovou střechou a dvojicí vysokých věží. 24. června 1523 se severní z věží zřítila a nebyla již v původní výši obnovena. V tomto období pravděpodobně vznikla hodinová vížka jako přístavba na jižní věži. V roce 1547 byly zahájeny přípravné práce pro stavbu nové strážní věže a zvonice, Černé věže, dokončené roku 1577. Stav v roce 1602 je zachycen na Willenbergově vedutě Českých Budějovic.

Během třicetileté války v roce 1631 byly do Českých Budějovic evakuovány české korunovační klenoty s ozbrojeným doprovodem třiceti jezdců na koních a šedesáti pěších mušketýrů. Pro uložení došlo nákladem 29 zlatých a 50 krejcarů k zabezpečení místnosti v kostele, pravděpodobně v jeho jižní věži. Pro střežení klenotnice byla vymezena vojenská posádka a za bezpečnost nesla zodpovědnost dvojice šlechticů, z nichž alespoň jeden musel být ve městě přítomen. V srpnu 1633 se klenoty přesunuly (k tomuto účelu vyrobeným pevným vozem) zpět do Prahy. Již v roce 1634 se do Budějovic opět na několik týdnů vrátily, opět na stejné místo.

Při velkém požáru města 1641 vyhořel i kostel a patrně tehdy zanikla i původní samostatná zvonice. Z kostela zůstaly jen opěráky kněžiště. Následující opravou vznikla dosud dochovaná barokní podoba kostela, byť zprvu v jakémsi přechodném (renezančně–barokním) slohu. Jejími staviteli byli Giovanni Ciprian a Francesco Canevalle (který tehdy rekonstruoval a rozšiřoval městské opevnění). Pochází z let 1641 až 1649. Stavbu provázely konflikty a spory s italským stavitelem Canevallem a to jak ze strany zedníků a tesařů, tak ze strany města jakožto zadavatele stavby. Kritizován byl za vyzdívání klenby kůru před zastřešením (kůr se skutečně zhroutil a musel být vystavěn znovu), za původní návrh zcela neforemného krovu, za rozpadlé průčelí (bylo strženo a přestavěno na náklady města, neboť Canevalle již Budějovice opustil) a za příliš malá okna, v jejichž důsledku nebylo v kostele vidět (větší byla probourána 7 let po dokončení rekonstrukce). V letech 1686 až 1688 došlo za přispění architekta Giacoma Antonia de Maggi ke stavebním úpravám. Zejména k opravě klenby a přestavbě zmíněného průčelí do dvojetážové podoby italského typu (které je v současnosti jedinou dochovanou raně barokní stavební památkou v Českých Budějovicích). Štukatérskou výzdobu provedl Santino Cereghetti. V roce 1785, když se chrám stal katedrálou nově zřízené diecéze, byl upraven interiér.

Na přelomu 18. a 19. století v katedrále zastávali funkci regeschoriho hudební skladatelé Jáchym Štěpanovský a Jan Nepomuk Vocet.

Vedle kostela se nacházel městský hřbitov, který sloužil od středověku (od založení města) až po rok 1784, kdy byl dekretem Josefa II. zrušen. V letech 2001 až 2005 na jeho místě probíhal intenzívní archeologický výzkum vedený Jihočeským muzeem, který pokračoval v interiéru kostela v letech 2010 až 2012. Odkryl kapli, hrobky a hroby. V ohradní zdi hřbitova bývala barokní zastavení křížové cesty, která byla po zrušení hřbitova nahrazena kaplemi křížové cesty na jižní zdi děkanství.

V průčelí jsou v nikách tři raně barokní štukové sochy patronů, svatého Mikuláše z Myry mezi sv. Václavem a sv. Auraciánem, dílo sochaře T. Zeisla. Na severní fasádě je umístěn znak Českých Budějovic. Ve výklenku na východní straně vnější obvodové zdi je socha Spasitele nesoucího kříž, která byla původně v Pasovarech.

Hlavní oltář svatého Mikuláše z Myry, jehož autorem je Leopold Hueber, dřevěná architektura pochází z roku 1785, oltářní obraz s legendárním výjevem „Sv. Mikuláš křísí dvě mrtvé děti“ je olejomalba z roku 1648 od frymburského rodáka J. Bachmanna; v nástavci je oválný obraz sv. Auraciána.

Oltář sv. Anny (z roku 1771, v severní lodi) od Leopolda Huebera, s relikviářem římského mučedníka sv. Auraciána, spolupatrona Českých Budějovic. Autorem oltářního obrazu sv. Anny je Franz Anton Maulbertsch.

Dřevěná plastika Kristus na kříži od Břetislava Kafky.

Kazatelna – barokní, bíle štafírovaná a zlacená, s figurálními řezbami z doby kolem roku 1710 (přenesena roku 1784 ze zrušeného pražského kostela Panny Marie Ustavičné pomoci a sv. Kajetána řádu theatinů).

V roce 2022 byl v kněžišti instalován soubor tapiserií „Výjevy z apokalypsy“ od Marka Ivana Rupnika.

Počátek historie katedrálních varhan není přesně známý. K nejstarším dostupným údajům patří informace, podle které varhanář Joachim Rudner (cca 1520–1600) vypracoval odborný posudek na již existující (patrně dosluhující) varhanní stroj. Z let 1495-1497 pocházejí zmínky o kšaftovaných penězích na nové varhany. Ty postavil roku 1498 (podle některých zdrojů již 1495) Michael Khall. Šlo o významného varhanáře, k jehož dílu patřily i varhany pro Sankt Wolfgang u Obersee (1497), varhany pro budějovický klášterní kostel Obětování Panny Marie (1502) nebo varhany v katedrále sv. Bartoloměje v Plzni z roku 1514. Je zajímavostí, že tyto varhany byly objednány a realizovány jen dvacet let před kompletní přestavbou kostela (zahájena 1518 stržením původní klenby). Roku 1515 je zmíněna také existence malých (chórových) varhan.

Další vývoj byl ovlivněn velkým požárem Českých Budějovic 24. července 1641. Do interiéru pronikl oheň přes kalkovnu (prostor s varhanními měchy) a prakticky kompletně jej zničil. Městský písař zaznamenal: „[…] hlavní oltář, jako i jiný nákladný všecky, dvoje znamenité varhany, regal, positiv, jiná instrumenta musická, jak graduání, tak figurální a cokolivec od ozdoby kostela, vzláště od dříví bylo, na prach a popel skázu vzalo […]“ Po přestavbě kostela (varhanní kruchta byla dozděna jako poslední, neboť se během stavby 18. května 1645 zřítila) vznikla potřeba nových varhan. Nejpozději v listopadu 1641 začali radní hledat varhanáře. Smlouvu uzavřeli s Jakubem Schedlichem z Jáchymova, jehož syn Ondřej roku 1645 zahájil stavbu varhan. Z důvodu jeho předčasného úmrtí musel nástroj dokončit jeho švagr, Mathias Tretscher. Stalo se tak roku 1646, město jej však splácelo ještě roku 1649. Nástroj s jedním manuálem, pedálem a 14 rejstříky vyšel na 1380 zlatých. Do této doby působilo v Českých Budějovicích více organistů (v období renesance nebylo mezi varhanáři a varhaníky rozlišováno, činnost často zahrnovala obě profese), například Thomas (~1551), Filip Organista (~1554), Joachym Rudner (~1520 až <1600) nebo vimperský varhanář Jiří Pirger. Z jejich díla se do současnosti nic nedochovalo.

Na počátku 18. století byl předchozí nástroj považován za nedostačující. Městská rada proto roku 1727 uzavřela smlouvu s varhanářem Jiřím Vojtěchem Dvorským. Společně s tovaryšem Martinem Janečkem v letech 1727–1728 vystavěl velký barokní nástroj o dvou manuálech, pedálu a 24 rejstřících. Varhany byly rozdělené do dvou skříní, jedna z nich integrovala hrací stůl připojený k postamentu. Specifický koncept měl zajistit, aby oknem ve štítu do hlavní lodi dopadalo co nejvíce světla. Z toho důvodu byly obě skříně ještě natočené (prospekty byly nasměrované jakoby do středu hlavní lodi). Toto řešení nebylo obvyklé, využívali ho pouze u větších nástrojů právě Dvorský s Janečkem. Jako zcela mimořádné je chápáno výtvarné zpracování – symetrické baldachýnové prospekty o jediném píšťalovém poli. Inspirace mohla pocházet z Itálie. Varhany hodnotili tehdejší znalci s ohledem na konzervativní jihočeské poměry jako impozantní, a to jak velikostí, tak rozsahem. Rozsah pedálu (21 tónů) začínal krátkou velkou oktávou a dosahoval do c1 (patrně tradice přejatá od Christeindela, autora varhan v klášterním kostele Obětování Panny Marie), manuály začínaly lomenou oktávou. Dále se Dvorského varhany rozvíjely pouze evolučně, roku 1834 došlo k renovaci nástroje s úpravou dispozice pozitivu, pro nějž byla zbudována nová skříň klasicistního konceptu umístěná na zábradlí kůru. Roku 1912 varhany opravil Emanuel Štěpán Petr.

Po roce 1930 byly barokní varhany popisované jako „nedotčeny vymoženostmi moderní techniky“ a „předstiženy řadou moderních varhan venkovských kostelů“. Tehdejší regenschori Ludvík Schmidt se inspiroval varhanami pasovského dómu a navrhl dispozice, které v roce 1934 realizovala firma Rieger v Krnově. Pro rozměrnější pozdně romantické varhany s 35 rejstříky vznikly nové větší skříně (ovšem se zachováním barokních prospektů od Dvorského a Janečka). Původně diagonální otočení skříní z důvodu omezeného prostoru vzalo za své a prospekty byly natočeny klasicky – rovnoběžně se zábradlím kůru. Slavnostní posvěcení proběhlo 9. září 1934.

Riegerovy varhany jsou s dílčími úpravami využívány do současnosti. Krom velkých varhan se objevují zmínky i o menších nástrojích (samostatné pozitivy a chórové varhany). Pozitiv je zmiňován v roce 1641 v souvislosti s výčtem škod způsobených velkým požárem. Ve 20. století byly chórové varhany umístěné na severní a jižní straně presbytáře, kde navazovaly na stally.

O provoz v katedrále se stará katedrální kapitula u svatého Mikuláše. Od května 2011 byla katedrála po dobu dvou let z důvodu celkové opravy uzavřena. Po dobu oprav se místo katedrály používal klášterní kostel Obětování Panny Marie, jako katedrála v zastoupení. Obnova zahrnovala nejen restaurování vnitřního vybavení, ale i nové podlahy a stupně z bílého a červeného mramoru, obklady stěn chóru s novými chórovými lavicemi, ambon i lavice pro věřící.

Opravená katedrála byla slavnostně otevřena 1. června 2013, byl vysvěcen obětní stůl, do kterého byly vloženy ostatky Jana Nepomuka Neumanna, dále byl posvěcen ambon a katedra. Ihned po vysvěcení zde sloužil mši svatou českobudějovický biskup Jiří Paďour. Katedrála je přes den přístupna veřejnosti a mše je v ní sloužena denně v 7.00, 8.00 a 17.00 hod., v neděli pak ještě v 10.30 hod.

Podle pověsti byl podstavec hlavního oltáře v roce 1617 vyroben z velkého kamene označovaného jako Žižka nebo Žižkův, který stál původně u staré cesty mezi Budějovicemi a Krumlovem. Příběh koresponduje s historickými reáliemi v podobě vzniku stupňů pod hlavní oltář v daném roce a charakteru tehdejšího děkana Kryštofa Thomae. Kámen se pravděpodobně nedochoval, katedrála byla zničena požárem 24. července 1641 a poté kompletně přestavěna.

Památkový katalog:

Kostel sv. Mikuláše je významným dokladem farní organizace a duchovní správy v rámci královského města.

Kostel založen spolu s městem roku 1265, zachována hmota kněžiště. Přestavěn po požáru města roku 1641 pozdně renesančně a západní průčelí upraveno 1686 – 1688. Po zřízení biskupství roku 1785 kostel povýšen na katedrálu. Stavba opravována v letech 1857 – 1858 a znovu v 80. letech 20. století.

Trojlodní bazilika s protáhlým polygonálním kněžištěm, bočními kaplemi a sakristiemi po jeho stranách stojí severovýchodně od hlavního náměstí Přemysla Otakara II. U severozápadního nároží kostela se nachází městská zvonice – Černá věž, severně pak budova děkanství a východně od kněžiště byla postavena barokní kaple Smrtelných úzkostí Páně. Presbytář- je v hranách polygonu dosud zpevněno gotickými opěráky, které jsou v úrovni koruny zdiva spojeny segmentovými pasy a vytváří tak po obvodu závěru věnec, na který je nasazena valbová sedlová střecha, krytá prejzy. Ze závěru střechy vyrůstá hranolová, měděným plechem krytá zvonička s dvojitou cibulovou bání. Mezi opěráky se dnes otevírají pravoúhlá obdélná okna. V severovýchodní stěně kněžiště je v omítce odhaleno ostění původně protáhlého středověkého okna s lomeným záklenkem. Po stranách kněžiště jsou připojeny boční kaple s polygonálním závěrem, kam vede přístup z bočních lodí. Nad jižní boční kaplí je navíc depozitář. Po stranách kněžiště se nacházejí dvě sakristie. V ose kněžiště je mezi opěráky vložena malá kaple s pultovou, prejzy krytou střechou. Nika je otevřená stlačeným záklenkem na páru toskánských sloupků. Za kovanou mříží se zlaceným symbolem IHS je kamenná socha Ježíše Krista klesajícího pod váhou kříže na ramenou. Interiér kněžiště je uzavřen třemi poli valené klenby s výsečemi, které jsou odděleny klenebními pasy. Hrany klenebních výsečí, pasů a lunet jsou zdobeny štukovým dekorem. Stěny jsou členěny pilastry s ionizujícími hlavicemi doplněnými hlavou anděla a zavěšeným ovocným festonem. Nad pilastry vystupuje masivní profilovaná korunní římsa, která probíhá při patě klenby. Podlaha kněžiště je kryta mramorovou dlažbou. Severní sakristie – Na severní straně kněžiště je připojen obdélný objekt sakristie s párem obdélných oken ve východní stěně a jedním oknem na severní straně. Zamřížovaná okna jsou vsazena do kamenných ostění se stezkou po obvodu, s mírně předstupujícím bankálem a římsou krytou prejzy. Obdélným portálem na severní straně sakristie vede přístup od děkanství do interiéru sakristie a celého kostela. Sakristie má rovnou střechu, která je schována za zděnou atikou ve formě zábradlí. Nároží sakristie jsou zpevněna pilastry a rustikou. Interiér sakristie s keramickou dlažbou na podlaze je sklenut valenou klenbou s trojicemi pětibokých výsečí po stranách. Hrany klenebních výsečí a lunet jsou zdobeny štukovým dekorem. V severozápadním nároží je nika vytvořená ustupujícím nárožím polygonálního závěru severní boční kaple. V severní stěně je vedle niky vstupních dveří na pravé straně zazděno lavabo s umyvadlem a římsou z červeného mramoru a se štukovou mušlí v záklenku. V severovýchodním koutu sakristie je na severní zdi vysoká segmentově sklenutá nika. V jižní stěně blíže jihozápadního koutu se otevírá segmentově sklenutá nika vstupu do kněžiště. Jižní sakristie. Obdélný objekt má na východní straně polygonální předsíň s portálem v ose východní stěny. nad vstupem je v nadpraží vytesána stáčená páska s nápisem: „AEDIFICATUM A.D. MCMXII“ – „Zbudováno L.P. 1912“. Nade dveřmi vystupuje konzolová římsa a nad ní východní štít s párem čtvercových oken a segmentově prohnutou římsou. Nad okny je umístěn reliéfní znak biskupství. Na jižní straně sakristie je pouze jedno obdélné okno s kamenným ostěním zdobeným stuhou po obvodu. Stěnu člení pilastry a nárožní rustika. I tato sakristie má rovnou střechu schovánu za atiku vyzděnou ve formě zábradlí s kovanými výplněmi. Interiér jižní sakristie byl původně přístupný i portálem ve východní předsíni, ale dnes se do ní vstupuje přímo z kněžiště dveřmi v jižní zdi. Podlahu sakristie kryje mramorová dlažba a prostor uzavírá valená klenba s výsečemi a párem půlkruhových lunet podél stran. Ve východní stěně je segmentová nika vstupu z předsíně a v nadpraží s obdélným okénkem. V jihozápadním koutu je polygonální hmota točitého schodiště do depozitu nad závěrem jižní boční kaple. Točité samonosné betonové schodiště bez středního sloupku vede do místnosti v patře nad kaplí. Nevelký prostor depozitáře s nízkým rovným stropem a betonovou podlahou je přístupný železnými dveřmi a osvětlen párem čtvercových oken nízko nad podlahou. Bazilikální trojlodí je na vnějšku hmotově sjednocený objekt s vysokou sedlovou střechou krytou drážkovou krytinou. Táhlá pětiosá boční průčelí jsou na rozích zpevněna nárožní rustikou a volná plocha fasády je členěna pěti vysokými pilastry, které vyrůstají s jednoduchého soklu a nesou výrazně předstupující římsu a nad ní vyrůstá ještě úsek zdiva ukončený korunní římsou. Mezi pilastry jsou vsazena obdélná okna v kamenných ostěních se stezkou po obvodu, parapetem a předstupujícím úsekem římsy nad překladem. V třetím poli od západu je obdélný kamenný portál bočního vstupu trojlodí. Na jižní straně jsou do kaple proražena dvě menší obdélná okna a nad nimi pár čtvercových oken do prostoru depozitu. Mezi okny jsou na fasádě provedeny sluneční hodiny. Severní stěna trojlodí má naprosto stejné členění v počtu a rytmu oken a výzdoby. Trojosé hlavní vstupní průčelí na západě katedrály má výraznou korunní římsou oddělenu plochu výrazného štítu. Sdružené páry pilastrů vytvářejí tři pole s portály na jejich ose. Kamenná ostění portálů s párem toskánských sloupků nesoucích rozeklané trojúhelné frontony vrcholí nikami v nichž jsou vsazeny sochy světců – patronů kostela a města. Uprostřed je titulární patron sv. Mikuláš, nalevo stojí sv. Václav a na pravé straně sv. Auratianus. Západní štít trojlodí s projmutými boky nese na vrcholu trojúhelný fronton a na bocích je zdoben kamennými koulemi a jehlanci. Plochu štítu člení sdružené páry pilastrů ve stejném rozestupu jako v přízemí. Ve středním poli je půlkruhově sklenuté okno do prostoru půdy a nad ním nika se sochou Panny Marie.

Kostel odpovídá pojetí kulturní památky podle § 2 a 42, zákona č. 20/1987Sb. O státní památkové péči. Památková ochrana se vztahuje na celý objekt. Kostel sv. Mikuláše je významným dokladem farní organizace a duchovní správy v rámci královského města. Jeho nejstarší stavební konstrukce zachované především ve zdivu presbytáře pochází ještě ze 13. století, kdy byl založen spolu s městem. Velice významnou stavební etapou byla pozdně renesanční úprava průčelí a především velkorysá raně barokní přestavba na bazilikální trojlodí sjednocené pod velkou sedlovou střechou. Kostel je významný také tím, že byl po zřízení Českobudějovické diecéze povýšen na katedrální – biskupský chrám. Monumentální hmota kostela spolu se sousední Černou věží spoluvytváří nejen vzhled okolní zástavby a volný prostor na místě zrušeného hřbitova, ale při dálkových pohledech také charakter sousedního velkého náměstí v centru města.

Původní evidenční list památky:

Biskupský kostel sv. Mikuláše v Jirsíkově ulici.

Zděné orientované trojlodí s polygonálním chórem, k němuž na severu i jihu přiléhá dvojice kaplí a sakristií; střechy sedlové a valbové (tašky, nad chorem prejzy), se dvěma řadami vikýřů v části lodi a hranolovým, plechem pobitým sanktusníkem s lucernou nad závěrem choru.

Průčelí lodí člení pilastry, nesoucí kládí, v pravidelná pole s okny v pravoúhlých rámech s římsami. Západní trojosé průčelí člení ve středu dvojice pilastrů, nároží jsou bosována; v osách polí umístěné pravoúhlé portály lemují představené sloupy, nesoucí zalomené kladí a rozlomený štít, do něhož jsou vloženy nikly, lemované plochými volutovými křídly a doplněné sochami sv. Mikuláše, Václava a Aurentiána. Nad portály jsou pravoúhlá okna. Fasádu ukončuje vysoký štít, členěný pilastry, se středním půlkruhovým oknem, v jehož nadpraží je nika se sochou P. Marie; je ukončen trojúhelným štítem s křížem ve vrcholu, na křídlech jsou vysoké pyramidy. Průčelí choru je hladké, členěné jen opěrnými pilíři; ve vrcholku spojenými stlačenými arkádami; dvě řady úzkých pravoúhlých oken mají ostění. V ose choru mezí opěrnými pilíři je vyzděná sakristie, ukončené dnes rovnými střechami, jsou hladce omítané, členěné bosovanými nárožními lisenami, s pravoúhlými okny a portály.

Regionální web:

Vznik Chrámu sv. Mikuláše se datuje již do 13. století, kdy byl založen jako farní kostel pro královské město České Budějovice. V letech 1518–1535 jej přestavěli ve stylu pozdní gotiky. Roku 1641 téměř celý objekt podlehl silnému požáru, a tak jej čekala další přestavba, tentokrát v barokním slohu. Stavbou do již barokní podoby byli pověřeni italští stavitelé J. Cipriani a F. Canevalle. Chrám byl dokončen roku 1649, ale v následujících letech 1686–1688 ještě italský stavitel G. A. de Maggi provedl přestavbu chrámového průčelí do nynější podoby. Dalšími úpravami a opravami si katedrála prošla i v dalších letech. Vnitřní trojlodí rozdělují tři páry masivních hranolových pilířů. Bohatý štukový dekor je dílem T. Zeisla. Hlavnímu oltáři z roku 1791 od Z. Huebera dominuje velkorozměrný obraz sv. Mikuláše z roku 1648 od D. Bachmanna.

Pro některé může být překvapením, že se v bezprostředním okolí kostela nacházel hřbitov, jenž byl funkční od založení města až do roku 1784, kdy byl zrušen. Určen byl především pro zdejší měšťanské rodiny. Archeologický výzkum z roku 2001 odhalil celkem zajímavou výbavu těchto hrobů – nalezeny byly šperky, medailonky či křížky. Výzkum vedený Jihočeským muzeem pokračoval v interiéru kostela v letech 2010–2012. Odkryl kapli, hrobky a hroby. Po založení nové diecéze se sídlem v Českých Budějovicích byl tento kostel povýšen na katedrální. Stal se tak prvním a hlavním kostelem v celé diecézi, v jejímž čele stojí diecézní biskup.

Encyklopedie ČB:

Římskokatolický kostel severovýchodně od náměstí Přemysla Otakara II., založený kolem 1265 současně se vznikem Českých Budějovic pod patronátem krále Přemysla Otakara II.

Před vybudováním kostela se na tomto místě pohřbívalo. Nasvědčuje tomu nález tří starších hrobů pod zdivem presbytáře, které byly datované radiokarbonovou metodou do první poloviny 13. století. Po vysvěcení na kostel svatého Mikuláše přešla farní správa ze staroměstského kostela svatého Prokopa a svatého Jana Křtitele.

O prvotní donaci farního beneficia nemáme bližší informace. Snad již od 13. století k beneficiu náležel dvůr u Hrdějovic se třemi a půl lánu půdy. Finanční zajištění kostela vzrůstalo zejm. od 60. let 14. století ziskem různých rent (první již 1347). Velká část rentovních plateb byla určena na zádušní bohoslužby, anniversaria. Část zřejmě plynula na pokrytí nákladů stavby a vybavením kostela. Ze středověkého vybavení se dochovala v presbytáři cihlová zdobená podlaha, která byla mincemi z podsypu datována do druhé poloviny 13. století. Ve výzdobě se kromě rostlinných a zvířecích motivů objevuje dvouocasý lev ve skoku.

Pro stavbu kostela byla již při vyměřování města kolem 1265 vyčleněna rozsáhlá plocha jednoho celého bloku, navazující na severovýchodní roh Rynku. Kromě samotného kostela na ní postupně vznikaly budovy fary (kaplanky) a školy. Současně zde byl založen jeden z městských hřbitovů.

Rekonstrukce podoby nejstaršího vzhledu kostela je možná pouze v základních rysech. Roku 1297 udělil konstantinopolský patriarcha Petr (1286—1302) s dalšími arcibiskupy a biskupy čtyřicetidenní odpustky těm, kteří přispěli na stavbu, osvětlení, výzdobu a jiné nezbytnosti kostela. Tehdy byl pravděpodobně dostavěn chór na východní straně, možná obě chórové kaple a posvěcen hlavní oltář. Nejpozději kolem poloviny 14. století byla snad dokončena i stavba trojlodí (bazilikální nebo halové formy) a západního dvouvěžového průčelí se zaklenutou předsíní, nad kterou byla umístěna kruchta (nejpozději od 1369 s vlastním oltářem svatého Petra a Pavla). Lze tak usuzovat především z toho, že od 50. let 14. století jsou zprávy o zakládání oltářů a rent na vydržování k nim vyčleněných kněží, oltářníků. Roční příjem oltářníka činil na konci předhusitské doby v průměru 14,9 kop grošů pražských; celkový příjem všech oltářnictví přesahoval 280 kop grošů.

Dokladem zvyšující se prestiže měšťanského stavu byla snaha jednotlivých měšťanů podílet se na zintenzivnění bohoslužebního dění. Od 1351 do počátku 15. století založili měšťané za silné účasti farního duchovenstva na 17 vedlejších oltářů. Kolem 1400 došlo k pohledově výrazné dostavbě jižní části trojlodí, v exteriéru byla zdobená panelací, slepými kružbami a završená byla třemi trojúhelnými štíty. Tento stavební vstup lze interpretovat přímým vlivem vídeňské a pražské parléřovské architektury.

Zatímco konec 15. století byl ještě stále ve znamení vybavování interiéru (1495 byly instalovány velké varhany), příchodem 16. století se podoba kostela začala radikálně měnit. Stržením klenby v trojlodí 1518 byla zahájena přestavba, na jejímž konci (1535) vznikla mimořádně členitá a působivá stavba, zachycená ještě na vedutě Jana Willenberga (1573—1613) z 1602. Základní koncepce kostela z předešlých století zůstala zachována. Nezvykle dlouhý chór vzpínaly vysoké opěráky. K chóru se po stranách přimykaly boční chórové kaple, u severní z nich stála menší hranolovitá věž. Nelze vyloučit, že celková dispozice této části kostela má základ ve 13. století a že ji ovlivnila stavba kostela dominikánského konventu. Boční lodi, zřejmě halového trojlodí, byly přikryty stanovými střechami, které byly nasazeny kolmo ke střeše hlavní lodi. Z ní se zvedala vysoká jehlancová střecha, která přecházela do štíhlé věže, korunované ostrou dlouhou špicí. Před západním průčelím stála v té době již jenom jedna ze dvou původních věží. Severní se 1523 zřítila, a proto byla zrušena i starší kruchta mezi věžemi. Místo ní bylo do průčelí hlavní lodi vloženo rozměrné hrotité okno.

Poslední rozsáhlou přestavbou prošel kostel po požáru, který ve městě vypukl 24. 7. 1641. Z pozdněgotické stavby zůstaly pouze ohořelé obvodové zdi. Ještě v témž roce byly zahájeny stavební práce na obnově kostela, jejíž první fáze byla dokončena 1652. Snaha o rychlý postup stavby šla někdy na úkor kvality prací, jak ukazuje situace z 1645, kdy se krátce po dokončení zřítila nová kruchta v lodi. Z tohoto období pocházejí rovněž tři rozměnrné krypty umístěné pod východní stranou kostela, z nichž ta, která je umístěná pod jižní chórovou kaplí, patří členům zdejšího Literátského bratrstva. Přestavba byla vedena staviteli Giovannim Ciprianim a F. Canevallem. V západním průčelí dnes z první fáze přestavby pochází zejména trojice portálů. Subtilní sloupky, nesoucí dlouhý překlad ukončený v horní části rozeklaným frontonem, prozrazují pokračující rozpad tektonických forem typický pro pozdně renesanční období. Původní podobu západní fasády přechodného stylu, vyznačující se pohledovou dominancí čtveřice rozměrných volut ve dvou etážích, známe jen z nepřesných dobových zachycení; je však zjevné, že neměla pádnost a strohou monumentalitu stávajícího raně barokního průčelí. Na původně středověkém městském chrámu překvapí absence užití gotizujících detailů. Na kostelech vznikajících v téže době v Čechách a odkazujících na své starší předchůdce se většinou gotizující prvky nacházejí.

Štukovou výzdobou opatřené klenby z první fáze raně barokní přestavby se zachovaly dodnes, průčelí ale muselo být v letech 1686—1687 z významné části sneseno a s použitím starších výzdobných prvků znovu vystavěno. Druhou fázi přestavby vedl Giacomo Antonio de Maggi († 1706), štukové detaily provedl Santino Cereghetti (1640—1719). Výsledné dvojetážové průčelí italského typu je dnes ve městě nejviditelnější dochovanou památkou raně barokního slohu.

Dalekosáhlá rekonstrukce dala příležitost i jiným umělcům, nejen architektům. Poněkud toporné štukové figury do výklenků nad portály dodal Thomas Zeissel. Jako nejdůležitější byla vnímána mariánská socha ve štítu, později vyměněná za mladší. Byla objednána 1644 v Linci a svěřena tamějším sochařům Giovannimu Battistovi Spezzovi a Wolfu Ederovi. Hlavní oltář vyzdobil obrazem svatého Mikuláše křísícího mrtvé děti ve sklepení hostince vídeňský malíř Georg Bachmann (1613—1652). Z toho je patrné, že mezi městem a sousedním Rakouskem probíhaly intenzivní styky, naproti tomu vazba k českému prostředí prakticky chybí. To se potvrdilo i o něco později (1666—1667), kdy byl budován oltář svatého Auratiana, patrona Českých Budějovic. Ke zhotovení oltáře byli znovu přizváni cizinci. Řezbářské práce měl dodat původem tyrolský sochař Johann Worath (1605—1680), usazený nedaleko za rakouskými hranicemi v Markt Aigen. Hlavní obraz byl objednán ve Vídni u vlašského malíře Matthause Managetty (1630—1680). Orientace na Podunají odpovídá i vzrůstajícímu německému živlu ve městě.

V průběhu 18. století probíhalo vybavování kostela novým mobiliářem a výzdoba bočních kaplí. Nejvýznamnější akvizicí bylo pořízení nových varhan – městská rada 1727 podepsala smlouvu na jejich stavbu s pražskými varhanáři Jiřím Dvorským (1677—po 1732) a Martinem Janečkem. Na kůru od té doby stál v jihočeských poměrech ojedinělý, soudobými italskými vzory ovlivněný nástroj se dvěma manuály, pedálem a 24 rejstříky, vložený do dvou na koso situovaných skříní opatřených sochařskou výzdobou. V Praze sídlící bavorský malíř Jan Adam Schöpf (1702—1772) roku 1729 vymaloval klenbu boční kaple Těla Páně a Panny Marie, kterou v kostele svatého Mikuláše užívalo místní zbožné bratrstvo za šťastnou smrt. Ve stejném roce presbytář zaplnila efektní příležitostná architektura zhotovená pro oslavy svatořečení divotvůrce Jana Nepomuckého. V 60. a 70. letech 18. století se na výzdobě bočních oltářů podíleli místní sochař Leopold Hueber (po 1700—1800) a věhlasný vídeňský malíř Franz Anton Maulbertsch (1724—1796). Jeho obraz tematizující záchranu Rozálie Hodánkové svatým Janem Nepomuckým (1760) byl po 1914 přemístěn do kostela svatého Jana Nepomuckého na Lineckém předměstí v Českých Budějovicích.

Po zřízení biskupství 1785 kostel povýšil na biskupskou katedrálu. Projevilo se to také na jeho vybavení: do kněžiště přibyla biskupská katedra a chórové lavice pro kanovníky současně zřízené kapituly. Zakoupeny byly z klášterního kostela ve Zlaté Koruně. Při téže příležitosti byl pro kostel objednán nový hlavní oltář svatého Mikuláše (ústřední raně barokní obraz v retabulu byl zachován) a také několik bočních oltářů. Z pražského kostela theatinů byla přenesena kazatelna. V roce 1912 proběhly částečné stavební úpravy katedrály dle projektu Richarda Klenky z Vlastimilu (1873—1954), které připomíná datum nad jižní sakristií. Do hlavní lodi byly umístěny mramorové oltáře svatého Auratiana a svatého Josefa s obrazy od F. B. Doubka. Z ruky téhož autora byla i Křížová cesta, namalovaná 1928—1929. Na konci episkopátu J. Hloucha byl v letech 1969—1971 interiér kostela výrazně upraven dle zásad vyplývajících z doporučení druhého vatikánského koncilu. Autory návrhů těchto radikálních změn, kladoucích důraz na zpřehlednění, jednoduchost a světlou barevnost, byli Bedřich Bouška a Viktor Kotrba. Poslední výraznou proměnou interiér prošel v letech 2011—2013. Dle návrhů architektů Marka Štěpána (* 1967) a Jaromíra Kročáka (1958—2025) se celkově upravila jeho barevnost, nahrazena byla podlaha, kanovnické lavice i lavice v lodi. Do interiéru bylo vloženo několik novotvarů, zejména prosklená zádveří a neobvyklý kruhový obětní stůl z kararského mramoru. Nový výtvarný koncept v presbytáři završilo osazení cyklu tapiserií znázorňujícího výjevy z Apokalypsy. Jejich autorem je kontroverzní slovinský umělec a teolog Marko Ivan Rupnik (* 1954).

V roce 2025 byla realizována celková obnova fasád kostela a provedena oprava střech nad hlavním chórem.

O kostele svatého Mikuláše, kapli Smrtelných úzkostí Páně, a objevené kostnici v knize Kostnice v českých zemích nakladatelství Academia podrobně na stranách 95 až 98.